L'église de Santo Tomé est la plus visitée de toute la ville, puisqu'il possède le tableau El Greco “L'enterrement du seigneur d'Orgaz”· L'un des chefs-d'œuvre de la peinture de tous les temps, installé sur sa tombe.
L'église a été construite après la prise de la ville par Alphonse VI. Plus tard, il a occupé une mosquée, étant entièrement reconstruit au XIVe siècle précisément par le seigneur d'Orgaz, Don Gonzalo Ruiz de Tolède. Cependant, certaines chapiteaux wisigoths font référence à une éventuelle église antérieure.
Il s'agit de trois navires avec croiseur, couvert de voûtes en berceau à la Renaissance et abside polygonale.
Sa tour mudéjar est très similaire à celle de l'église de San Román: plan carré à deux niveaux d'ouvertures encadrées par des arcs doubles séparés par une rangée d'arcs aveugles séparés (cas unique dans la ville) par de petites colonnes en céramique de Talavera dela Reina.
